A01 - Domänen-spezifische Sprachen zur Entwicklung von räumlichen, multiskaligen, biochemischen Modellen und deren Anwendung

Zusammenfassung des Arbeitsprogramms

Um die zellulären Antworten auf externe elektrische Felder zu untersuchen, ist es notwendig, Simulationsstudien, welche auf unterschiedlichen Skalen in Raum und Zeit arbeiten, durchzuführen und in Beziehung zu setzen. Hierbei können deklarative und domänenspezifische Sprachen eine zentrale Rolle übernehmen. Wir werden a) Simulationsstudien durchführen, die membrannahe, intra-, und interzelluläre Prozesse untersuchen, b) domänen-spezifische Sprachen für die Modellierung auf unterschiedlichen Skalen in Raum und Zeit, für das Design, die Ausführung und Dokumentation von Simulationsexperimenten und zur Überprüfung räumlich-zeitlicher Eigenschaften verfeinern und anwenden, und c) den interaktiven Prozess der Modellentwicklung und -validierung über einzelne Simulationsstudien hinaus durch Artefakt-basierte Workflows unterstützen.

Kooperation mit anderen Teilprojekten

A02 / A03 / A06 / C01 / C04

Publikationen

2019

Köster, Till; Henning, Philipp; Uhrmacher, Adelinde M. (2019): Potential based, spatial simulation of dynamically nested particles. In: BMC bioinformatics 20 (1), S. 607. DOI: 10.1186/s12859-019-3092-y.
 

2018

Winter, Fiete, Wierstorf, Hagen; Hold, Christoph; Kruger, Frank; Raake, Alexander; Spors, Sascha (2018): Colouration in Local Wave Field Synthesis. In: Transactions on Audio, Speech, and Language Processing 26 (10), S. 1913–1924. DOI: 10.1109/TASLP.2018.2842435.

Konferenzbeiträge

2019

Budde, Kai (2019): Reusing provenance information captured in WebProv for automatic generation of experiment specifications. INtegrative COllaborative modeling in systems MEdicine. Berlin, Germany, November 2019.

Budde, Kai; Zimmermann, Julius; Neuhaus, Elisa; Schröder, Max; Uhrmacher, Adelinde M.; van Rienen, Ursula (2019): Requirements for Documenting Electrical Cell Stimulation Experiments for Replicability and Numerical Modeling. 41st Annual International Conference of the Engineering in Medicine and Biology Society. Berlin, Germany, July 2019.

Schröder, Max; Raben, Hendrikje; Krüger, Frank; Ruscheinski, Andreas; van Rienen, Ursula; Uhrmacher, Adelinde M.; Spors, Sascha (2019): PROVenance Patterns in Numerical Modelling and Finite Element Simulation Processes of Bio-electric Systems. 41st International Engineering in Medicine and Biology Conference. Berlin, Germany, July 2019.

Wilsdorf, Pia; Haack, Fiete, Budde, Kai; Ruscheinski, Andreas; Uhrmacher, Adelinde M. (2019): Conducting Systematic, Partly Automated Simualtion Studies – Unde Venis et Quo Vadis. AIP Conference Proceedings. International Conference on Numerical Analysis and Applied Mathematics. Rhodes, Greece, September 2019.

Wilsdorf, Pia; Zimmermann, Julius; Dombrowsky, Marcus; van Rienen, Ursula; Uhrmacher, Adelinde M. (2019): Simulation Experiment Schemas – Beyond Tools and Simulation Approaches. Winter Simulation Conference. National Harbor, United States of America, December 2019.
 

2018

Ruscheinski, Andreas; Budde, Kai; Warnke, Tom; Wilsdorf, Pia; Hiller, Bjarne Christian; Dombrowsky, Marcus; Uhrmacher, Adelinde M. (2018): Generating Simulation Experiments Based on Model Documentations and Templates. Winter Simulation Conference. Gothenburg, Sweden, December 2018.

Ruscheinski, Andreas; Gjorgevikj, Dragana; Dombrowsky, Marcus, Budde; Kai, Uhrmacher, Adelinde M. (2018): Towards a PROV Ontology for Simulation Models. In: Provenance and Annotation of Data and Processes. London, United Kingdom, July 2018.

Warnke, Tom; Krüger, Frank; Uhrmacher, Adelinde M. (2018): Open Simulation Software - Development and Application. 24. Symposium Simulationstechnik der Arbeitsgemeinschaft Simulation. Hamburg, Germany, October 2018.

Warnke, Tom; Uhrmacher, Adelinde M. (2018): Complex simulation experiments made easy. Winter Simulation Conference. Gothenburg, Sweden, December 2018.

Vorträge

2018

Uhrmacher, Adelinde M. (2018): Multi-Level Modeling and Simulation in Space. Centro di Ricerca Matematica Ennio De Giorgi. Pisa, Italy, October 2018.

Poster

2019

Budde, Kai; Smith, Jacob; Ruscheinski, Andreas; Uhrmacher, Adelinde M. (2019): WebProv: A web-based tool to access, store, and display provenance information of simulation models. 10th COmputational Modeling in BIology NEtwork Meeting. Heidelberg, Germany.
 

2018

Budde, Kai; Helms, Tobias; Haack, Fiete; Uhrmacher, Adelinde M. (2018): Modeling long-range Wnt signaling with the domain-specific language ML-Rules. Workshop for multiscale modeling and simulation to bridge molecular and cellular scales. Pisa, Italy.

Budde, Kai; Krummrich, Elisa; Ruscheinski, Andreas; Wilsdorf, Pia; Haack, Fiete; Uhrmacher, Adelinde M. (2018): The Story Behind Wnt Simulation Models: Interrelating Wnt Models by Provenance Information. European Wnt Meeting. Heidelberg, Germany.

Henning, Philipp; Köster, Till; Uhrmacher, Adelinde M. (2018): Challenges in reproducing an ODE vesicle transport model with particles in continuous space. Workshop for multiscale modeling and simulation to bridge molecular and cellular scales. Pisa, Italy.
 

2017

Budde, Kai; Warnke, Tom; Uhrmacher, Adelinde M.; Schatz, Eric; Starke, Jens; Haack, Fiete (2017): Exploiting equation-free analysis for multi-level, agent-based models in cell biology. Winter Simulation Conference. Las Vegas, United States of America.

Henning, Philipp; Köster, Till; Uhrmacher, Adelinde M. (2017): Idiosyncracies in Multi-Spatial Modeling. 15th Conference on Computational Methods in Systems Biology. Darmstadt, Germany.

Projektleitung

Prof. Dr. rer. nat. habil. Adelinde Uhrmacher
E-Mail
Tel.: +49 381 498 7610

Institution

Universität Rostock
Institut für Informatik
Albert-Einstein-Str. 22
18059 Rostock

Assoziierte Mitarbeitende

Philipp Henning
Tom Warnke

Mitarbeitende mit Stipendium

Philipp Henning (beendet)