A01 - Domänen-spezifische Sprachen zur Entwicklung von räumlichen, multiskaligen, biochemischen Modellen und deren Anwendung

Zusammenfassung des Arbeitsprogramms

Um die zellulären Antworten auf externe elektrische Felder zu untersuchen, ist es notwendig, Simulationsstudien, welche auf unterschiedlichen Skalen in Raum und Zeit arbeiten, durchzuführen und in Beziehung zu setzen. Hierbei können deklarative und domänenspezifische Sprachen eine zentrale Rolle übernehmen. Wir werden a) Simulationsstudien durchführen, die membrannahe, intra-, und interzelluläre Prozesse untersuchen, b) domänen-spezifische Sprachen für die Modellierung auf unterschiedlichen Skalen in Raum und Zeit, für das Design, die Ausführung und Dokumentation von Simulationsexperimenten und zur Überprüfung räumlich-zeitlicher Eigenschaften verfeinern und anwenden, und c) den interaktiven Prozess der Modellentwicklung und -validierung über einzelne Simulationsstudien hinaus durch Artefakt-basierte Workflows unterstützen.

Kooperation mit anderen Teilprojekten

A02 / A03 / A06 / C01 / C04

Konferenzbeiträge

Max Schröder, Hendrikje Raben, Frank Krüger, Andreas Ruscheinski, Ursula van Rienen, Adelinde Uhrmacher, Sascha Spors: PROVenance Patterns in Numerical Modelling and Finite Element Simulation Processes of Bio-electric Systems. 41st International Engineering in Medicine and Biology Conference (EMBC), July 2019, Berlin, Germany.

Kai Budde, Julius Zimmermann, Elisa Neuhaus, Max Schröder, Adelinde M. Uhrmacher and Ursula van Rienen: Requirements for Documenting Electrical Cell Stimulation Experiments for Replicability and Numerical Modeling. In: 41st Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), July 2019, Berlin, Germany.

Andreas Ruscheinski, Kai Budde, Tom Warnke, Pia Wilsdorf, Bjarne Christian Hiller, Marcus Dombrowsky and Adelinde M. Uhrmacher: Generating Simulation Experiments Based on Model Documentations and Templates. In: Winter Simulation Conference (WSC 2018), December 2018, Gothenburg, Sweden. (In Press)

Tom Warnke, Adelinde M. Uhrmacher: Complex simulation experiments made easy. In: Winter Simulation Conference (WSC 2018), December 2018, Gothenburg, Sweden. (In Press)

Tom Warnke, Frank Krüger and Adelinde M. Uhrmacher: Open Simulation Software - Development and Application. In: ASIM 2018 - 24. Symposium Simulationstechnik, October 2018, Hamburg, Germany.

Andreas Ruscheinski, Dragana Gjorgevikj, Marcus Dombrowsky, Kai Budde and  Adelinde M. Uhrmacher: Towards a PROV Ontology for Simulation Models. In: Provenance and Annotation of Data and Processes. Proceedings, published by Springer International Publishing, pp. 192-195, July 2018, London, United Kingdom.

Vorträge

Adelinde M. Uhrmacher: Multi-Level Modeling and Simulation in Space. Invited Talk, Centro di Ricerca Matematica Ennio De Giorgi, October 2018, Pisa, Italy.

Poster

Kai Budde, Jacob Smith, Andreas Ruscheinski and Adelinde M. Uhrmacher: WebProv: A web-based tool to access, store, and display provenance information of simulation models. In: 10th COMBINE Meeting, July 2019, Heidelberg, Germany.

Kai Budde, Tobias Helms, Fiete Haack and Adelinde M. Uhrmacher: Modeling long-range Wnt signaling with the domain-specific language ML-Rules. In: Workshop for multiscale modeling and simulation to bridge molecular and cellular scales, October 2018, Pisa, Italy.

Philipp Henning, Till Köster and Adelinde M. Uhrmacher: Challenges in reproducing an ODE vesicle transport model with particles in continuous space. In: Workshop for multiscale modeling and simulation to bridge molecular and cellular scales, October 2018, Pisa, Italy.

Kai Budde, Elisa Krummrich, Andreas Ruscheinski, Pia Wilsdorf, Fiete Haack and Adelinde M. Uhrmacher: The Story Behind Wnt Simulation Models: Interrelating Wnt Models by Provenance Information. In: European Wnt Meeting 2018, September 2018, Heidelberg, Germany.

Kai Budde, and Tom Warnke, Adelinde M. Uhrmacher, Eric Schätz, Jens Starke and Fiete Haack: Exploiting equation-free analysis for multi-level, agent-based models in cell biology. In: Winter Simulation Conference (WSC 2017). Proceedings, published by IEEE, Electronic ISSN: 1558-4305, pp. 4564-4565. December 2017, Las Vegas, NV, USA. 

Philipp Henning, Till Köster and Adelinde M. Uhrmacher: Idiosyncracies in Multi-Spatial Modeling. In: 15th Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2017), September 2017, Darmstadt, Germany.

Projektleitung

Prof. Dr. rer. nat. habil. Adelinde Uhrmacher
E-Mail
Tel.: +49 381 498 7610

Institution

Universität Rostock
Institut für Informatik
Albert-Einstein-Str. 22
18059 Rostock

Assoziierte Mitarbeitende

Philipp Henning
Tom Warnke

Mitarbeitende mit Stipendium

Philipp Henning (beendet)